Регистрацией некоммерческих организаций, за исключением товариществ и кооперативов занимается Министерство юстиции Российской Федерации.
Минюст и его территориальные отделения принимают решения о госрегистрации НКО, включая вопросы ее создания, реорганизации или ликвидации. Все изменения в учредительные документы НКО и включение конкретной организации в Единый государственный реестр юридических лиц также осуществляется Минюстом.
Регистрацией товариществ и кооперативов занимается регистрирующий орган в лице Инспекции Федеральной налоговой службы.